- Tamura, T., Ito, J., Uriu, K., et al. (2023). Virological characteristics of the SARS–CoV-2 XBB variant derived from recombination of two Omicron subvariants. Nature Communications, 14(1), 1-20. doi:10.1038/s41467-023-38435-3
2022年12月、SARS–CoV-2オミクロンの亜型は、同じスパイク（S）タンパク質残基で置換が起こるという、共進化を経験していた。それ以来、XBBという新たな組み換え変異種が、BQ.1.1などの新しいオミクロン亜型の多様化と共進化とともに出現した。オミクロンXBB変異種は、BA.2の2つの子孫であるBJ.1とBM.1.1.1の組み合わせから生じたと考えられている。以前の研究では、BQ.1のウイルス学的特性が述べられていたが、XBBの特性はまだ明らかではない。
最近の研究では、研究者らはオミクロンXBB亜型のウイルス学的特性、特にその感染力、アンジオテンシン変換酵素2（ACE2）への結合親和性、免疫抵抗性に焦点を当てて調査した。完全にワクチン接種を受けた後にSARS–CoV-2 BA.2とBA.5に感染した個体から回復期血清が得られた。さらに、BA.1二価ワクチン、一価ワクチン、BA.5二価ワクチンを接種した個体から、4回接種ワクチン血清が得られた。
研究結果では、XBBには全てのXBB配列で固有の、一つの組み換えブレークポイントが特定され、これはウハン-Hu-1参照ゲノムと一致した。データセットでは、BJ.1とBM.1の配列での組み換えは明らかにならなかった。
XBBクレードの最も最近の共通祖先（tMRCA）は2022年7月に存在していたが、BJ.1とXBB系統のtMRCAは2022年6月初めに遡る。したがって、XBBは、BM.1.1.1とBJ.1が組み換えた2022年夏に起源を持つ可能性が高い。
XBB.1は、突破BA.2感染血清に対して30倍の抵抗性を示した。同様に、置換V83A、Q183E、Y144del、L368I、R346T、F486S、V445P、F490Sは、BA.2感染血清に対して顕著な抵抗性を示した。個々の置換は免疫抵抗性に対しては僅かな影響を及ぼす一方で、XBB.1 Sタンパク質内の複数の置換は、突破BA.2感染による体液免疫に対する抵抗性を提供する協力的な役割を果たす。また、BA.2.75は、BA.2と比較してBA.5感染血清に対する顕著な抵抗性を示した。さらに、XBB.1は、突破BA.5感染血清に対して顕著な抵抗性を示した。
XBB.1 S受容体結合ドメイン（RBD）は、祖先的なBA.2 S RBDと比較して、人間のACE2受容体への結合親和性が低かった。しかし、XBB.1とBQ.1.1の両方にあるR346T置換は、BA.2 S RBDのACE2への結合親和性を向上させた。XBB.1 S RBDがBA.2 S RBDより結合親和性を向上させたのは、RBD内の3つの特定の置換、つまりL368I、R346T、およびN460Kによるものだった。
XBB.1疑似ウイルスはBA.2疑似ウイルスより7.6倍感染性が高く、このウイルスRBDはR346TとL368Iの2つの置換によって疑似ウイルス感染性が顕著に増加した。
Y144delとG252Vは、N末端ドメイン（NTD）の置換であり、疑似ウイルス感染性を顕著に減少させた。一方で、NTDのV83A置換は、疑似ウイルス感染性を顕著に増加させた。
結論として、XBBは優れた適応力を持ち、前のオミクロン亜型の突破感染によって引き起こされる抗ウイルス体液免疫に対して抵抗力がある。従って、適応力の高い地域のSARS–CoV-2変異種は、XBBがそうであったように、おそらく全世界に広がるであろう。これらの発見は、新しいSARS–CoV-2変異種のリスクを継続的に評価するために、ウイルスゲノムの監視を続ける重要性を強調している。