- Khan, K., Lustig, G., Reedoy, K., et al. (2023). Evolution and neutralization escape of the SARS-CoV-2 BA.2.86 subvariant. medRxiv. doi:10.1101/2023.09.08.23295250. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.09.08.23295250v1.
medRxivのプレプリントサーバーで公開された最近の研究で、科学者らはSARS-CoV-2ウイルスの新しいOmicron亜種であるBA.2.86について、その免疫逃避と複製能力に焦点を当てて調べた。
主な背景情報
BA.2.86はオミクロンBA.2亜種に由来する。BA.2.86は、2022年初頭に南アフリカで発見されたBA.2ゲノムと特定の変異を共有しているが、南アフリカ以外のBA.2配列で頻繁に見られる特定の変異C9866Tを欠いている点で異なっている。
BA.2.86は、BA.2や最新のSARS-CoV-2 XBB.1.5変異体と比較して、スパイクタンパク質にさらに30の変異を有している。このような変異の増加は、以前の感染やワクチン接種による中和抗体の回避を容易にする可能性がある。
オミクロンBA.2.86は2023年7月に初めて検出された。しかし、COVID-19パンデミックの開始以来、サーベイランスが縮小されているため、正確な出現時期は不明である。
研究方法
研究チームは、BA.2.86サンプルからウイルスRNAを抽出し、ゲノムシークエンシングライブラリーを調製し、全ゲノムシークエンシングを実施した。
ワクチン接種者、オミクロン初感染後の再感染者、オミクロン亜型のみに感染した者の血清を用い、XBB.1.5に対するBA.2.86の中和能を評価した。
オミクロンBA.2.86の細胞内伝播は、ライブウイルスアッセイで評価した。
2021年11月から2022年6月までのBA.2配列の系統解析を、GISAIDデータベースデータを用いて行い、配列はオリジナルのWuhan-Hu-1ウイルスに対して整列させた。
主な結果
XBB.1.5変異体と比較して、BA.2.86は免疫回避能の大幅な改善は認められなかった。しかし、オリジナルのSARS-CoV-2ウイルスに対する免疫逃避能力はBA.1の5倍であった。
過去にBA.1に感染した人の血清を評価したところ、BA.2.86の回避能力は14倍高かった。一方、XBB.1.5は同様に12倍の回避能力を示した。
BA.2.86およびXBB.1.5による感染では、特に感染後20時間以内に、先祖伝来のSARS-CoV-2株と比較して感染部位が小さくなることが観察された。さらに、72時間後までに、BA.2.86およびXBB.1.5感染細胞では、オリジナルのSARS-CoV-2株と比較して、細胞障害の減少が観察された。
系統発生学的解析から、BA.2.86は2021年以前の優性株BA.1/BA.2の子孫であることが示唆された。この変異型の集団レベルでの広がりは限定的であることから、免疫不全の個体内で進化した可能性が示唆される。
解析によると、BA.2.86は2023年5月頃から広がり始めたと推測される。配列決定されたBA.2.86を含むこの研究結果は、その後GISAIDデータベースに追加された。
結語
オミクロンBA.2.86は、中和抗体による免疫を回避する進化を示した。しかし、XBB.1.5変異体と同様に回復期血漿で認識される。このデータは、BA.1/BA.2のような他のオミクロン変異体と比較して、BA.2.86の拡散が遅いことを示唆している。BA.2.86が新たな感染を引き起こす可能性があるとしても、世界的に循環している他のSARS-CoV-2亜種との有意な相違は見られない。